吉林省土壤肥料总站是依据吉林省编制委员会吉编事字[1987]87号文件，于1987年4月成立，隶属于吉林省农业农村厅领导。主要职能如下：

1、贯彻执行国家和吉林省基本农田保护条例的有关规定，负责全省土壤资源调查与评价、改良与保护；负责全省旱作、节水农业技术和中低产田土壤改良及相关产品的试验、示范、推广工作。

2、负责全省科学施肥体系建设和肥料新品种、新技术、新成果的试验、示范、推广工作。

3、负责全省有机肥建设和有机食品推荐肥料的筛选及推广工作。

4、负责全省肥料产品的登记和市场管理工作，全省肥料执法队伍的建设和管理工作。

5、负责全省土壤分析、肥料质量监测工作。

6、负责指导全省土肥技术社会化服务工作。

7、负责全省土壤肥料工作中长期规划和现阶段发展对策研究，为上级有关部门决策提供科学依据。